Zatvorena kontinuirana fermentacija

U zatvorenom sistemu kontinuirane fermentacije, određena metoda se koristi za zadržavanje ćelija u bioreaktoru i kontinuirano povećanje njihovog broja. U ovim uslovima, određeni ograničavajući faktori se menjaju u bioreaktoru, što dovodi do smrti većine ćelija. Stoga je u ovom sistemu nemoguće održati stabilno stanje. Zatvorena kontinuirana fermentacija može se modificirati korištenjem otvorene opreme za kontinuiranu fermentaciju, sve dok se neka bakterijska tijela koriste za recirkulaciju. Druga metoda je korištenje odstojnika ili punila postavljenih unutar opreme kako bi se omogućilo bakterijama da rastu na vrhu, a fermentacijski bujon istječe bez ili sa vrlo malo stanica.
Kontinuirana fermentacija dijaliznom membranom je nova metoda. Koristi organsku membranu s mikroporama za odvajanje opreme za fermentaciju. Ova membrana može proći samo kroz proizvode fermentacije, ali ne i kroz bakterijske ćelije. Na taj način se medij kulture kontinuirano dodaje u interval sa bakterijskim tijelima u opremi za fermentaciju, a produkti metabolizma mikroorganizama kontinuirano izlaze iz drugog intervala kroz membranu za dijalizu. U nekim procesima fermentacije, kada akumulacija metabolita u fermentacionom bujonu dostigne određeni nivo, biće onemogućeno da se dalje akumulira. Međutim, upotreba metode fermentacije dijaliznom membranom može kontinuirano dijalizirati metabolite, ostavljajući malo ostataka u fermentacijskoj juhi, čime se poboljšava prinos proizvoda.